Die Katholische Jugendfürsorge Augsburg betreibt mehrere Schulen:

Schulen in Einrichtungen der Kinder- und Jugendhilfe

• Frère-Roger-Schule zur Erziehungshilfe, Augsburg
• Philipp-Neri-Schule zur Erziehungshilfe, Kempten
• Schule zur Lernförderung  im Förderungswerk St. Nikolaus, Dürrlauingen

Schulen in den Kliniken der KJF

• Förderzentrum für körperliche und motorische Entwicklung und Schule für Kranke an der Klinik Hochried, Murnau
• Sophie-Scholl-Schule, Förderzentrum für körperliche und motorische Entwicklung und Schule für Kranke an der Alpenklinik Santa Maria, Oberjoch
• St.-Gallus-Schule für Kranke an der Fachklinik Prinzregent Luitpold, Scheidegg
• Klassen für Kranke an der Frère-Roger-Schule, Augsburg
• Klassen für Kranke an der Philipp-Neri-Schule, Kempten

Förderberufsschulen der KJF

• Prälat-Schilcher-Berufsschule, Augsburg
• Benedikt-von-Nursia-Berufsschule, Augsburg
• Berufsschule St. Georg, Kempten
• Berufsschule St. Nikolaus, Dürrlauingen

Außerdem hat die KJF mehrere Schulen zur Ausbildung sozialer Fachkräfte.